近日,记者从江西省农业科学院获悉,由中国工程院院士颜龙安团队联合河北大学教授杜会龙团队开展的稻属泛基因组研究取得重要突破,成功绘制了全球首个稻属最全超级泛基因组图谱,相关成果在线发表于Nature子刊《Nature Communications》上。此次研究共鉴定到栽培稻中尚未发现的63881个基因家族,使可利用的水稻基因规模扩大了1.7倍,将极大促进水稻种质资源利用和突破性品种的选育工作。
研究人员介绍,泛基因组是一个物种中所有个体基因组信息的总和,构建泛基因组可以有效解决单一参考基因组带来的遗传信息分析偏差问题。而超级泛基因组则代表一个属内所有物种的基因组信息,尤其蕴含了野生种中丰富的基因组变异,是对泛基因组的进一步扩展,在远缘杂交和基因发掘等方面具有重要应用前景。
研究人员表示,稻属隶属于禾本科的稻亚科,包括2个栽培稻种和21个野生稻种,其中,野生稻为栽培稻的近缘物种,是现代水稻品种遗传改良和种质创新的基因宝库,具有重要的挖掘价值。
此次研究高质量测序组装了来自亚洲、非洲、南美洲、北美洲、大洋洲等地区的13个极具代表性的野生稻种基因组,包含6种异源四倍体和7种二倍体类型,并结合已公开的普通野生稻、亚洲栽培稻和非洲栽培稻基因组,构建了包括101723个基因家族在内的稻属超级泛基因组。结合基因组注释和RGAugury等多种方法,在稻属中共鉴定到7048个抗病基因,其中栽培稻有237个抗病基因家族,野生稻有384个基因家族,揭示了“栽培稻的抗病基因倾向于成簇存在,而野生稻则主要以单个形式存在”的分布规律。除此之外,还在野生稻中鉴定到207个串联重复基因,其中36个与产量、抗性、品质、生育期、营养元素高效利用以及生物和非生物胁迫耐受性相关。
江西省农业科学院党委书记池泽新表示,该研究构建的稻属超级泛基因组极大扩展了水稻遗传改良的基因池,相当于为水稻育种创新提供了一张新的“导航地图”,能够从古老种质资源中挖掘急需的、有利的基因,为改良现代品种提供更加广阔的空间。江西省农业科学院将进一步强化水稻种业创新基础研究,深入开展野生稻资源挖掘和种质创新,加快推进稻属超级泛基因组图谱、野生稻有利基因克隆等一批创新性成果,在水稻精准设计育种中的应用,为水稻种业高质量发展提供强有力的科技支撑。
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